Зоонозный пеністы вірус у Бангладэш адлюстроўвае розныя схемы перадачы і сумеснага заражэння

Увесь артыкул Лічбы і даныя Спасылкі Цытаты Метрыкі Ліцэнзаванне Паўторныя выданні і дазволы Анатацыя ў фармаце PDF Пеністыя вірусы малпаў (SFV) паўсюдна сустракаюцца ў прыматаў, акрамя чалавека (NHP). Як і ва ўсіх рэтравірусаў, зваротная транскрыпцыя SFV прыводзіць да рэкамбінацыі і мутацыі. Паколькі было паказана, што больш людзей заражана SFV, чым любым іншым вірусам, які пераносіцца ў сям'і, SFV з'яўляецца патэнцыйна магутнай мадэллю для вывучэння вірусалогіі і эпідэміялогіі вірусаў на стыку чалавека/NHP. У Азіі SFV, верагодна, перадаецца чалавеку праз укусы макакі і драпіны, якія ўзнікаюць у кантэксце паўсядзённага жыцця. Мы прааналізавалі множныя правірусныя паслядоўнасці з гена SFV gag як ад людзей, так і ад макак, каб ахарактарызаваць рэтравірусную перадачу на стыку чалавека/NHP у Бангладэш. Тут мы прыводзім доказы таго, што людзі могуць адначасова заражацца некалькімі штамамі SFV, прычым некаторыя людзі заражаюцца як аўтахтонным штамам SFV, так і штамам, падобным да SFV, знойдзеным у макак з іншай геаграфічнай вобласці. Гэтыя дадзеныя ў спалучэнні з папярэднімі вынікамі дазваляюць выказаць здагадку, што перамяшчэнне макак пры дапамозе чалавека, якое прыводзіць да ўкаранення нерэзідэнтных штамаў SFV, і рэтравірусная рэкамбінацыя ў макак спрыяюць разнастайнасці SFV сярод людзей у Бангладэш. перадача Увядзенне Пенныя вірусы (ПВ)-гэта падсямейства рэтравірусаў, якія шырока распаўсюджаны ў пазваночных гаспадароў, у тым ліку прыматаў, котак, кароў і коней. Clin Microbiol Rev2001; 14: 165-176. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] FV-гэта старажытныя экзагенныя вірусы, якія эфектыўна перадаюцца паміж гаспадарамі, але не вядома, што яны выклікаюць хваробу.2Switzer WM, Salemi M, Shanmugam Vet al. пеністыя вірусы і прыматы. Прырода 2005; 434: 376–380. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Нягледзячы на ​​тое, што амаль паўсюдна распаўсюджаны ў прыматаў, якія не належаць да чалавека (NHP), вірус пеністага майяна (SFV) не эндэмічны ў Homo sapiens. Заанозная інфекцыя людзей SFV была раней выяўлена ў некалькіх краінах і ў розных кантэкстах міжвідавых кантактаў, у тым ліку супрацоўнікаў лабараторыі NHP і заапарка ў Паўночнай Амерыцы, работнікаў "храма малпаў", уладальнікаў хатніх жывёл і людзей, якія жывуць вакол вольных макак на Паўднёвым і Паўднёвым Усходзе. Паляўнічыя на Азію і мяса кустоўя ў Цэнтральнай Афрыцы. 3 Гесайн А, Руа Р, Бэцем Е, Турпін Дж, Мах'е Р. HTLV-3/4 і пеністыя рэтравірусы ў чалавека: адкрыццё, эпідэміялогія, міжвідавая перадача і малекулярная вірусалогія. Вірусалогія2013;435:187–199. [Crossref], [Google Scholar]На сённяшні дзень перадача SFV ад чалавека ад NHP была задакументавана ў больш чым 100 чалавек, што значна больш, чым колькасць выпадкаў міжвідавай перадачы для іншых вядомых рэтравірусаў, якія пераносяцца NHP: віруса імунадэфіцыту маляняці. , аматарскі рэтравірус D або Т-клеткавы лімфатрофічны вірус майя. . Вірусалогія 2013; 435: 187-199. [Crossref], [Google Scholar], 4Khabbaz RF, Heneine W, George JRet al.Заражэнне лабаранта вірусам імунадэфіцыту матросы. N Engl J Med1994; 330: 172–177. [Crossref], [Google Scholar], 5Lerche NW, Switzer WM, Yee JLet al. Доказы заражэння малянямі рэтравірусам тыпу D у людзей, якія прафесійна падвяргаліся ўздзеянню прыматаў. J Virol2001; 75: 1783–1789. [Crossref], [Google Scholar], 6Switzer WM, Bhullar V, Shanmugam Vet al. Частая заражэнне пеністымі вірусамі ў чалавека, прафесійна схільнага прыматам. J Virol2004; 78: 2780-2789. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar], 7Kalish ML, Wolfe ND, Ndongmo CBet al.Центральныя афрыканскія паляўнічыя, схільныя заражэнню вірусам імунадэфіцыту мангіі. Emerg Infect Dis2005; 11: 1928-1930. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Улічваючы вялікую распаўсюджанасць SFV ў NHP, а таксама разнастайнасць і пашырэнне ўзаемадзеяння паміж людзьмі і NHP, мяркуецца, што ва ўсім свеце колькасць заражаных асоб можа дасягаць дзясяткаў тысячы.8 Энгель Г, Хангерфард Л. Л., Джонс-Энгель Няхай ацэнка рызыкі: мадэль для прагназавання міжвідавай перадачы віруса мамонавай пены ад макак (М. fascicularis) для людзей у храме малпаў на Балі, Інданезія. Am J Primatol2006; 68: 934–948. [Crossref], [Google Scholar], 9Switzer WM, Shaohua T, Ahuka-Mundeke Set al. Новыя заражэнні малпавымі пеннымі вірусамі ад розных відаў малпаў у жанчын з Дэмакратычнай Рэспублікі Конга. Рэтравірусалогія2012;9:100. [Crossref], [Google Scholar] Акрамя таго, некалькі падоўжных даследаванняў людзей, інфіцыраваных SFV, сведчаць аб тым, што SFV не перадаецца ад аднаго чалавека да іншага. пеністыя вірусы. СНІД Res Hum рэтравірусы 2007; 23: 1330-1337. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Такім чынам, характарыстыка фактараў, якія ўплываюць на заанотычную перадачу SFV, можа даць найлепшую сучасную мадэль для разумення таго, як і чаму некаторыя вірусы NHP здольныя выклікаць устойлівую Наша група вывучала ўзаемадзеянне паміж людзьмі і НГП у Бангладэш за апошнія 6 гадоў, засяродзіўшы ўвагу на міжвідовай перадачы інфекцыйных агентаў. у Бангладэш, 11–2007 гг. J Virol2013; 87: 558–571. [Crossref], [Google Scholar], 12Oberste MS, Feeroz MM, Maher Ket al. Натуральна заражаныя інфекцыі пикорнавирусов у нечалавечых прыматаў у заапарку Дакі. J Virol2013;87:572–580. [Crossref], [Google Scholar], 13Karlsson EA, Engel GA, Feeroz MMet al.Influenza virus virus у нечалавечых прыматаў. Emerg Infect Dis2012; 18: 1672–1675. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Бангладэш - адна з найбольш густанаселеных краін свету, у якой шмат гарадскіх раёнаў знаходзіцца ў межах або побач з месцамі пражывання NHP. Некалькі таксонаў NHP з'яўляюцца роднымі для Бангладэш, прычым макака-резус (Macaca mulatta) найбольш шматлікая і шырока распаўсюджаная.14 Хасан К., Азіз М.А., Алам С.Мет і інш. Распаўсюджванне макак-резус (Macaca mulatta) у Бангладэш: змен у групах . памер і склад. Кансервацыя прыматаў 2013; 26: 115–124. [Crossref], [Google Scholar] Паколькі лясныя асяроддзі працягваюць змяншацца, невялікі экалагічна гнуткі рэзус квітнее ў змененых чалавекам асяроддзях пражывання, асабліва ў раёнах, дзе культурныя адносіны заахвочваюць іх талерантнасць. рэзус -макак і звязанага з імі пеністага віруса ў Бангладэш. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Хоць кантакт паміж людзьмі і рэзус-макакамі адбываецца ў першую чаргу ў супольнасцях, дзе макакі знаходзяцца на вольным паходжанні, ён таксама сустракаецца ў рэлігійных святынях, якія сталі сховішчамі для макак і дзякуючы ўласнасці хатніх жывёл макак. Акрамя таго, качавы народ, вядомы па -рознаму як Бадэ, або Каландар, шмат стагоддзяў падарожнічаў па рэгіёне, зарабляючы на ​​жыццё, ставячы спектаклі з дрэсіраванымі макакамі. У адрозненне ад Афрыкі, у Бангладэш паляванне на малпаў з мэтай атрымання мяса дзікі сустракаецца рэдка, і абмяжоўваецца толькі карэннымі народамі ў раёнах Чыттагонг-Хіл, якія мяжуюць з М'янмай. племя Мро ва ўрочышчы Чыттагонг, Бангладэш. Int J Biodiversity Sci Manage 2007; 3: 56–62. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Лічыцца, што перадача SFV ад NHP да чалавека адбываецца часцей за ўсё праз укусы. SFV актыўна размнажаецца ў слізістых абалонках паражніны рота інфіцыраваных малпаў, дасягаючы высокіх канцэнтрацый у сліне, дзе можна лёгка выявіць геномныя і мРНК. індукаваная імунасупрэсія. J Virol 2006; 80: 663-670. [Crossref], [Google Scholar] Аднак адносна мала вядома пра тое, як характарыстыкі гаспадара або віруса ўплываюць на перадачу SFV. Нават сур'ёзныя ўкусы не надзейна прыводзяць да заражэння.9Switzer WM, Shaohua T, Ahuka-Mundeke Set al. Новыя заражэнні пеністымі вірусамі малпы ў розных відаў малпаў у жанчын з Дэмакратычнай Рэспублікі Конга. Рэтравірусалогія2012;9:100. [Crossref], [Google Scholar] Наадварот, некаторыя людзі з дакументальна пацверджанай інфекцыяй не памятаюць значнага ўздзеяння NHP або NHP тканін. Іншыя важныя пытанні, якія тычацца заанотычнай перадачы SFV і інфекцыі, застаюцца нявырашанымі. Напрыклад, у той час як правірусная ДНК выяўляецца пастаянна на працягу дзесяцігоддзяў у некаторых людзей, заражаных SFV; іншыя людзі выпрацоўваюць антыцелы да СФВ без выяўленай правіруснай ДНК. 3 Гесайн А, Руа Р, Бецем Е, Турпін Дж, Маге Р. HTLV-3/4 і пеністыя рэтравірусы чалавека ў чалавека: адкрыццё, эпідэміялогія, міжвідавая перадача і малекулярная вірусалогія. Вірусалогія2013;435:187–199. [Crossref], [Google Scholar] Застаецца высветліць, ці вылечваюць некаторыя людзі інфекцыю, ці пэўныя вірусныя штамы больш здольныя да ўстойлівасці. Неабходныя дадатковыя даследаванні, каб вызначыць, ці ёсць аналагічныя SIV/ВІЧ, у якіх рэкамбінацыя паміж рэтравіруснымі штамамі ў новым гаспадары была папярэднікам эвалюцыі пандэмічных вірусаў, ёсць дадзеныя аб тым, што SFV рэкамбінуюцца ў чалавечых гаспадарах. Было праведзена некалькі даследаванняў, каб вызначыць, ці ўплывае канцэнтрацыя SFV ў сліне, ці не ўплывае на зоонозную перадачу, ці як імунны адказ чалавека спрыяе або прадухіляе інфекцыю або працяг вірусэміі (Soliven et al. і Matsen et al., неапублікаваныя). І хоць дадзеныя, сабраныя ў іншых геаграфічных абласцях і ў іншых кантэкстах кантакту паміж чалавекам і макакай, дазволілі зразумець, як дэмаграфічныя зменныя і макака і паводзіны чалавека спрыяюць верагоднасці агрэсіі макакі на чалавека, адносна мала вядома пра тое, як гэтыя зменныя ўплываюць на рэтравірусныя 18 Фуэнтэс А, Гамерл С. Непрапарцыйнае ўдзел па ўзроставых/палавых класах у агрэсіўным узаемадзеянні паміж даўгахвостымі макакамі (Macaca fascicularis) і людзьмі-турыстамі ў лесе малпаў Падангтэгал, Балі, Інданезія. Am J Primatol2005; 66: 197–204. [Crossref], [Google Scholar] Тут мы прадстаўляем дадзеныя, якія апісваюць ўздзеянне чалавека на рэзус -макак і заражэнне СФВ на некалькіх участках у Бангладэш і пры правядзенні гаспадароў малпаў. Большасць іншых даследаванняў сканцэнтравана на рэгіёне гена pol (інтэграза), які адрозніваецца высокай кансервацыяй і, такім чынам, не можа выявіць варыяцыі SFV, выяўленыя ў інфікаваных асобін гэтага віду. Мы атрымалі мноства клонаў з суцэльнай крыві і секвенировали частка гена SFV gag, абранага замест pol, каб выявіць большую генетычную зменлівасць SFV, і выкарысталі дадзеныя паслядоўнасці для параўнання віруса, знойдзенага ў людзей, з вірусам макак, з якім яны ўзаемадзейнічаюць . Мы паказваем, што людзі могуць адначасова заразіцца некалькімі штамамі SFV; некаторыя асобіны заражаюцца як аўтахтонным (паходзяць з месца знаходжання) штамам SFV, так і штамам, аналагічным SFV, знойдзеным у макак з іншых геаграфічных раёнаў. Павышэнне ўзросту было значным фактарам рызыкі зоонозной перадачы SFV ў чалавека. Жаночы пол і індуісцкая рэлігія таксама могуць быць звязаны з падвышанай рызыкай. Гэтыя дадзеныя ў спалучэнні з нашымі папярэднімі вынікамі [15] Феероз М.М., Солівен К., Маленькі CTet al. Дынаміка папуляцыі рэзус -макак і звязанага з імі пеністага віруса ў Бангладэш. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] мяркуюць, што перамяшчэнне макак пры дапамозе чалавека, множныя інфекцыі SFV і рэтравірусная рэкамбінацыя спрыяюць рэтравіруснай разнастайнасці ў Бангладэш. сайты (Sylhet, Bormi, Dhamrai, Narayanganj і Charmaguria), а таксама 209 уладальнікаў малпаў -выканаўцаў, якія належаць да качавой групы, якія ставяць спектаклі з іх падрыхтаванымі макакамі. Грамадскія сайты былі створаны ў 2007 годзе ў мясцовасцях, дзе макакі свабодна распаўсюджваюцца і дзе жыхары былі гатовыя прыняць удзел у падоўжных даследаваннях па міжвідавай перадачы інфекцыйных агентаў. Мы выбарачна паказвалі ўладальнікаў малпаў, калі сутыкаліся з імі па дарозе на або з нашых сайтаў па вывучэнні супольнасці. Аналіз разнастайнасці SFV сярод малпаў з Бангладэш прадстаўлены ў нашым спадарожным даследаванні.15 Феероз М.М., Солівен К., Малы CTet al. Дынаміка папуляцыі рэзус -макак і звязанага з імі пеністага віруса ў Бангладэш. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Дадзеныя гэтага даследавання таксама ўваходзяць у набор дадзеных SFV макакі, даследаваны ў дадзеным даследаванні. Тут мы прадстаўляем кароткае апісанне палявых участкаў (малюнак 1), уключаных у дадзенае даследаванне. Заанозны пеністы вірус у Бангладэш адлюстроўвае розныя схемы перадачы і сумеснага заражэння Усе аўтары: Грэгары А Энгель, Крыстафер Т Смол, Хан Солівен, Мостафа М Феероз, Сяосін Ван, М Камрул Хасан, Гунва О, SM Рабіул Алам, Карэн Л Крэйг, Дана Л Джэксан, Фрэдэрык А Мацэн IV, Максін Л Лініял і Ліза Джонс-Энгельт http://doi.org/10.1038/emi.2013.60 Апублікавана ў Інтэрнэце: 25 студзеня 2019 г. Малюнак 1 Месца адбору проб і разнастайнасць штамаў SFV, выяўленых у заражаных заанотамі людзей. Апытаныя чалавечыя суб'екты і ўзятыя пробы ў пяці гарадскіх аб'ектах па ўсёй тэрыторыі Бангладэш, дзе рэзус-макакі былі на вольным пасежышчы. Нядаўна мы паказалі, што на кожным з гэтых участкаў у макак можна выявіць асноўны штам (ы) SFV. 15 Феероз М. М., Солівен К, Малы CTet і інш. Дынаміка папуляцыі рэзус -макак і звязанага з імі пеністага віруса ў Бангладэш. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Рэзусныя штамы ядра SFV пазначаны колерам на гэтай карце. Для людзей (пазначаных «BGH»), якія былі заражаныя SFV, мы атрымалі некалькі клонаў з суцэльнай крыві і секвенавалі частку гена SFV gag. Дадзеныя паслядоўнасці былі выкарыстаны для параўнання віруса, знойдзенага ў людзей, з вірусам, знойдзеным у макак з гэтага сайта. Колер круга (колаў) побач з кожным з ідэнтыфікатараў BGH азначае штам SFV, які быў выяўлены ў гэтых людзей. Звярніце ўвагу, што чацвёра суб'ектаў адначасова былі інфіцыраваны множнымі штамамі SFV, а некаторыя людзі заражаныя як аўтахтонным (паходжанне, дзе знойдзены) штамам SFV, так і штамам, аналагічным SFV, знойдзеным у макак з іншых геаграфічных раёнаў. nks, крыніца не вядома. Паказаць у поўным памеры. Малюнак 1. Месца ўзяцця проб і разнастайнасць штамаў SFV, выяўленых у зоонозно заражаных людзей. Апытаныя чалавечыя суб'екты і ўзятыя пробы ў пяці гарадскіх аб'ектах па ўсёй тэрыторыі Бангладэш, дзе рэзус-макакі былі на вольным пасежышчы. Нядаўна мы паказалі, што на кожным з гэтых участкаў у макак можна выявіць асноўны штам (ы) SFV. 15 Феероз М. М., Солівен К, Малы CTet і інш. Дынаміка папуляцыі рэзус -макак і звязанага з імі пеністага віруса ў Бангладэш. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Рэзусныя штамы ядра SFV пазначаны колерам на гэтай карце. Для людзей (пазначаных «BGH»), якія былі заражаныя SFV, мы атрымалі некалькі клонаў з суцэльнай крыві і секвенавалі частку гена SFV gag. Дадзеныя паслядоўнасці былі выкарыстаны для параўнання віруса, знойдзенага ў людзей, з вірусам, знойдзеным у макак з гэтага сайта. Колер круга (колаў) побач з кожным з ідэнтыфікатараў BGH азначае штам SFV, які быў выяўлены ў гэтых людзей. Звярніце ўвагу, што чацвёра суб'ектаў адначасова былі інфіцыраваны множнымі штамамі SFV, а некаторыя людзі заражаныя як аўтахтонным (паходжанне, дзе знойдзены) штамам SFV, так і штамам, аналагічным SFV, знойдзеным у макак з іншых геаграфічных раёнаў. nks, крыніца невядомая. Сілхет Размешчаны ў паўночна-ўсходняй частцы краіны, у 35 км ад мяжы з індыйскай правінцыяй Асам, Сілхет з'яўляецца трэцім па велічыні горадам Бангладэш. Насельніцтва прыкладна 125 макак знаходзіцца ў святыні Шах -Джалал у цэнтры горада. Макакі Сілхета распаўсюджваюцца над месцам святыні і ў непасрэдна суседнім раёне. Макакі Шах -Джалала рэгулярна забяспечваюцца супрацоўнікамі святыні і часта атрымліваюць ежу ад наведвальнікаў святыні. У даследаванні прынялі ўдзел чатырнаццаць чалавечых суб'ектаў, якія жывуць недалёка ад святыні. У горадзе Бормі, прыкладна ў 50 км на поўнач ад Дакі, больш за 200 рэзус -макак распаўсюджваюцца па ўсёй вёсцы, свабодна перамяшчаючыся паміж індуісцкімі і мусульманскімі раёнамі, часта ўваходзячы ў дамы ў пошуках ежы. Хоць некаторыя жыхары Бормі час ад часу прапануюць ежу макакам, арганізаванага забеспячэння няма. Усяго ў гэтым даследаванні прынялі ўдзел 105 чалавечых суб'ектаў з Бормі. Прыкладна 75-100 макак свабодна распаўсюджваюцца праз Дамраі. Макакі аддаюць перавагу раёнам з вялікай ценьню і плоданашэннямі, якія часцей сустракаюцца ў індуісцкіх кварталах. Як і ў Бормі, няма арганізаванага забеспячэння макакамі. Дзевяць суб'ектаў з Дхамрая былі ўключаны ў гэты набор даных. Папуляцыя рэзус -макакі працягвае скарачацца ў гэтай мясцовасці, паколькі развіццё горада выцясняе зялёныя насаджэнні. Паводле ацэнак, 60 макак у гэтым горадзе не забяспечаны і дрэнна прывыкаюць да людзей. У даследаванні прынялі ўдзел 150 чалавек з Нараянганджа. Чармагурыя Чармагурыя знаходзіцца ў XNUMX км на поўдзень/паўднёвы захад ад Дакі ўздоўж ракі Падма. Больш за 200 макак у гэтай мясцовасці забяспечваюцца мясцовай арганізацыяй у цэнтральным месцы, а багатыя зялёныя зоны ў гэтым невялікім горадзе забяспечваюць натуральныя калідоры, па якіх жывёлы шырока распаўсюджваюцца. У даследаванні прынялі ўдзел 23055 чалавек з Чармагурыі. Пратаколы прыёму на працу, інфармаванага згоды і выбаркі, уключаючы назіранне за SFV-станоўчымі асобамі, былі зацверджаны Саветам па аглядзе чалавечых прадметаў Універсітэта Вашынгтона (XNUMX) і аналагічнай аглядавай камісіяй па адрасе: Універсітэт Джахангірнагар, Бангладэш. Біялагічныя і дэмаграфічныя дадзеныя людзей былі закадаваны унікальнымі ананімнымі ідэнтыфікатарамі, якія пачыналіся з "BanGladesh Human" (BGH). На кожным сайце супольнасці члены каманды Бангладэш пачалі кантакт з лідэрамі наваколля і вызначылі цэнтральнае месца ў межах макакаў для збору дадзеных. Затым члены бангладэшскай каманды ўступілі ў партнёрства з жыхарамі суполкі і разышліся пешшу, просячы ўдзелу людзей, якія прызналі сябе ўкусамі або параненымі макак. Крытэрыі ўключэння для суб'ектаў уключалі ўзрост старэйшыя за 18 гадоў, самаацэнку ўздзеяння NHP і/або доўгатэрміновае (> 20 гадоў) пражыванне ў вёсцы. Ад усіх суб'ектаў была атрымана пісьмовая інфармаваная згода. Дэмаграфічныя дадзеныя і дадзеныя, якія апісваюць уздзеянне NHP, былі атрыманы з дапамогай анкеты, якую аддаў член каманды на мясцовай мове, бенгальскай. Дзесяць мілілітраў суцэльнай крыві збіралі з перадскутнай вены кожнага суб'екта ў прабірку, якая змяшчае этылендыямінтэтраацтовую кіслату, захоўвалі на лёдзе не больш за 12 гадзін, а затым цэнтрыфугавалі. Аліквоты суцэльнай крыві і плазмы захоўваліся пры -80 ° C да аналізу. Для атрымання узораў слізістай абалонкі ротавай паражніны выкарыстоўваліся стэрыльныя мазкі Whatman (Whatman, Piscataway, NJ, ЗША). Мазкі неадкладна змяшчаюць у 500 мкл Qiagen Buffer RLT (Qiagen, Валенсія, Каліфорнія, ЗША), астуджаюць на лёдзе не больш за 12 гадзін, перш чым замарожваць пры -80 ° C да аналізу. Гэтыя метады, па сутнасці, ідэнтычныя тым, якія мы выкарыстоўвалі для набыцця і захоўвання біялагічных узораў, атрыманых з макак. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Паўторны адбор пробаў пацверджаных SFV станоўчых людзей Калі ў чалавека быў пацверджаны SFV станоўчы з дапамогай палімеразнай ланцуговай рэакцыі (ПЦР), даследчая група паспрабавала звязацца і паўторна ўзяць пробу прыкладна праз 1 год пасля першаснага ўзору . Пратаколы збору біялагічных проб для наступнага адбору пробаў станоўчых суб'ектаў SFV былі такімі ж, як і падчас пачатковага адбору пробаў. Акрамя таго, станоўчыя суб'екты SFV атрымалі кароткі медыцынскі агляд і сабраны падрабязны анамнез. Адбор проб макака-рэзуса Наш спадарожны рукапіс для гэтага праекта 15 Феероз М. М., Солівен К, Маленькі CTet. Дынаміка папуляцыі рэзус-макак і звязанага з імі пеністага віруса ў Бангладэш. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] дае ўсе пробы жывёл і лабараторныя пратаколы. У дадзенае даследаванне ўключаны паслядоўнасці SFV кляпаў з усяго 184 рэзус -макак (малюнак 2). Мы таксама ўключаем у гэты набор дадзеных паслядоўнасці, атрыманыя з чатырох рэзусаў, двух з Dhamrai і двух з Bormi, якія нам удалося перапрабаваць праз два гады пасля іх першапачатковай выбаркі. Заанозны пеністы вірус у Бангладэш адлюстроўвае розныя схемы перадачы і сумеснага заражэння Усе аўтары: Грэгары А Энгель, Крыстафер Т Смол, Хан Солівен, Мастафа М Феероз, Сяосін Ван, М Камрул Хасан, Гунва О, С. М. Рабіул Алам, Карэн Л Крэйг, Дана Л Джэксан, Фрэдэрык А Мацэн IV, Максін Л Лініял і Ліза Джонс-Энгель http://doi.org/10.1038/emi.2013.60 Апублікавана ў Інтэрнэце: 25 студзеня 2019 г. Малюнак 2 Класіфікацыі штамаў крыві для малпаў з проб насельніцтва. Для кожнай малпы каляровая паласа, якая адпавядае выбарачнай папуляцыі малпаў, прадстаўлена ў (А), а каляровыя пліткі, якія адпавядаюць штамам, якія назіраюцца ва ўзоры крыві гэтай малпы, паказаны ў (В). Няядзерныя штамы маркіруюцца ў адпаведнасці з рэкамбінантнымі адносінамі, устаноўленымі з бацькоўскімі штамамі. Станоўчыя супадзенні вызначаюцца па меншай меры 90% верагоднасці для 200 і больш сумежных пар падстаў у аналізе cBrother. Рэгіёны геному, якія не адпавядаюць бацькоўскім штамам вышэй гэтага парога, па меншай меры 200 nt, былі пазначаны як nks (невядомая крыніца). Гэта спрошчаны варыянт лічбы з суправаджальнага дакумента для гэтага даследавання, 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Дынаміка папуляцыі рэзус -макак і звязанага з імі пеністага віруса ў Бангладэш. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar], але з абноўленымі класіфікацыямі штамаў. Адлюстраванне ў поўным памеры Малюнак 2 Класіфікацыі штамаў крыві для малпаў з проб насельніцтва. Для кожнай малпы каляровая паласа, якая адпавядае выбарачнай папуляцыі малпаў, прадстаўлена ў (А), а каляровыя пліткі, якія адпавядаюць штамам, якія назіраюцца ва ўзоры крыві гэтай малпы, паказаны ў (В). Няядзерныя штамы маркіруюцца ў адпаведнасці з рэкамбінантнымі адносінамі, устаноўленымі з бацькоўскімі штамамі. Станоўчыя супадзенні вызначаюцца па меншай меры 90% верагоднасці для 200 і больш сумежных пар падстаў у аналізе cBrother. Рэгіёны геному, якія не адпавядаюць бацькоўскім штамам вышэй гэтага парога, па меншай меры 200 nt, былі пазначаны як nks (невядомая крыніца). Гэта спрошчаны варыянт лічбы з суправаджальнага дакумента для гэтага даследавання, 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Дынаміка папуляцыі рэзус -макак і звязанага з імі пеністага віруса ў Бангладэш. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar], але з абноўленай класіфікацыяй штамаў. Выяўленне SFV Western blot Fibroblast macaque Rhesus Celo-RF cell line line19Kirchoff V, Wong S, St JS, Pari GS. Генерацыя пашыранай жыцця фібрабластаў лініі малпы-резус для клетак фібрабластаў малпы-резус рост рэзус -радынавіруса (RRV). Arch Virol2002; 147: 321–333. [Crossref], [Google Scholar] быў заражаны SFV M. Мулатка або М. fascicularis, або застаецца незаражаным. Праз 48 ч клеткі лізіравалі ў 1 × буферы додэцылсульфату натрыю (50 мМ трыс-HCl (рн 6.8), 10% гліцэрыны, 2% додэцылсульфату натрыю, 5% 2-меркаптоэтанолу, 0.01% бромфенолавага сіняга) і ўзоры электр. трофарэз праз 10% полиакриламидные гелі. Пасля пераносу бялкоў на поливинилидендифторидные мембраны (Millipore Billerica, MA, ЗША) мембраны блакіравалі ў фасфатным буферным растворы + 0.05% Tween-20, які змяшчае 2% абястлушчанага сухога малака, і прамывалі вадой і пакідалі высыхаць. Былі зроблены палоскі, кожная з якіх змяшчае тры паласы (маркер малекулярнай масы, незаражаны Telo-RF і інфікаваныя клеткавыя лізаты Telo-RF) і дадаюць першаснае антыцела (чалавечую плазму) пры развядзенні 1-20 і інкубуюць на працягу ночы пры 4 ° C. Палоскі прамывалі тройчы ў солевым растворы з фасфатным буферам+0.05% Твін-20 перад даданнем другаснай пероксидазы хрэна супраць чалавека (Thermo Scientific і GE Healthcare Rochester, Нью-Ёрк, ЗША) у развядзенні 1 5000 на працягу 1 гадзіны пры пакаёвай тэмпературы . Палоскі прамывалі яшчэ тры разы перад прамываннем вадой і нанясеннем 3,3 ′, 5,5′-тэтраметылбензідзінавай стабілізаванай падкладкі для пероксидазы хрэна (Promega Madision, WI, ЗША) для візуалізацыі палос. Плазма з BGH4, вядомага SFV-станоўчага чалавека20Jones-Engel L, May CC, Engel GAet al.Разнастайныя кантэксты заанотычнай перадачы вірусаў аміяка-пены ў Азіі. Emerg Infect Dis2008; 14: 1200-1208. [Crossref], [Google Scholar] быў выкарыстаны ў якасці станоўчага кантролю. Вылучэнне ДНК з суцэльнай крыві Поўная геномная ДНК была вынята з суцэльнай крыві чалавека з дапамогай міні-набору QIAamp DNA Browser (Qiagen) у адпаведнасці з пратаколам вытворцы. Мы вынялі ДНК з 200 мкл суцэльнай крыві. Вычышчаную ДНК элюировали ў 200 мкл буфера AE. ПЦР-ампліфікацыя фрагментаў gag і pol з геномнай ДНКА ў агульнай складанасці 15 мкл ізаляванай ДНК была выкарыстана для ПЦР-ампліфікацыі gag або pol фрагментаў з дапамогай двухкруговай ПЦР. ПЦР першага раунду была мультыплекснай рэакцыяй з грунтамі з gag і pol (паслядоўнасць праймераў: G1 (+) (nt 114-134, узята з паслядоўнасці SFB1 GeneBank NC_001364 NC_001736) 5'-AGG ATG GTG GGG ACC AGC TA-3 ′; G2 (-) (nt 1451–1433) 5′-CAG GAA GAG GTA CTC GGG G-3 ′; P1 (+) (nt 5179–5200) 5′-GCC ACC CAA GGA AGT TAT GTG G-3 ′; P2 ( -) (nt 5768–5749) 5′-GCT GCC CCT TGG TCA GAG TG) -3 ′. Рэакцыі дэнатурыравалі пры 95 ° С на працягу 3 мін., Затым ішлі два цыклы па 95 ° С на працягу 30 с, 38 ° С на працягу 1 мін, 72 ° С на працягу 1 мін, затым 25 цыклаў з 95 ° С на працягу 30 с , 52 ° C на працягу 1 мін. І 72 ° C на працягу 1 мін. У якасці адмоўнага кантролю выкарыстоўвалася вада. 2 мкл прадукту ПЦР выкарыстоўвалі ў якасці шаблону для ПЦР другога раўнда. Праймеры gag або pol (G3 (+) (nt 190–212) 5′-CAA CCT AGA TGG AGA GCT GAA GG-3′; G4 (−) (nt 1425–1406) 5′-GGG GAC AAA CTA CGG CTG GG-3 ′; P5 (+) (nt 5339–5361) 5′-TAA TCC TCC AGG GTA TCC AAA A-3 ′; P6 (-) (nt 5728–5707) 5′-ATA CCA TCG ACT ACT ACA AGG A-3 ′) выкарыстоўваліся для ампліфікацыі асобных фрагментаў. Рэакцыі дэнатуравалі пры тэмпературы 95 °C на працягу 3 хвілін, затым 35 цыклаў пры тэмпературы 95 °C на працягу 30 с, 52 °C на працягу 1 хвіліны і 72 °C на працягу 1 хвіліны. Чаканы памер прадуктаў ПЦР для кляпаў і полі складае 1235 біт / с і 390 біт / с адпаведна. Клонаванне і паслядоўнасць фрагментаў кляпа Прадукты ПЦР ПЦР былі ачышчаны гелем з дапамогай набору для экстракцыі геля QIAquick (Qiagen) у адпаведнасці з пратаколам вытворцы. Вычышчаныя фрагменты лігавалі ў вектар для кланавання TOPO-TA (Invitrogen, Карлсбад, Каліфорнія, ЗША) і трансфармавалі ў кампетэнтныя клеткі Escherichia coli TOP10 (Invitrogen). Было адабрана некалькі адзінкавых калоній для кожнага ўзору gag, а плазмідная ДНК была ачышчана і секвенирована. Секвеніраванне было праведзена з выкарыстаннем прамых і зваротных праймераў M13, а таксама ўнутраных праймерных і зваротных праймераў для кляпаў Універсітэтам Вашынгтонскага фонду геномікі або GeneWiz Inc. (Сіэтл, штат Вашынгтон, ЗША). Вірусныя штамы пазначаюцца малымі літарамі, каб адрозніць іх ад геаграфічных месцаў, дзе былі ўзятыя пробы людзей або макак (напрыклад, Dhamrai - гэта месца даследавання, дзе быў выяўлены асноўны штам dhamrai.) Вылучэнне РНК з буккальных мазкоў. (Qiagen) размарожвалі пры 37 ° С на працягу 15 хвілін з 40 ЕД інгібітара рыбануклеазы RNaseOUT (Invitrogen) і 1 ЕД ДНКазы I без РНКазы (Promega) непасрэдна перад экстракцыяй РНК. Агульная РНК была вынятая ў адпаведнасці са стандартным пратаколам з дапамогай міні -камплекта RNeasy (Qiagen). РНК зноў апрацоўваюць 40 ЕД RNaseOUT і 1 ЕД ДНКазы I без РНКазы пры 37 ° С на працягу 1 гадзіны. Затым пробы інкубавалі пры 65 ° С на працягу 15 хвілін для інактывацыі ферментаў. РНК захоўвалі пры -20 ° С для наступнага выкарыстання. Зваротную транскрыпцыю-ПЦР (RT-ПЦР) буккального тампона РНАРТ-ПЦР праводзілі для кланавання частковых гег-паслядоўнасцяў (1235 б.п.) з РНК букального тампона. КДНК першага ланцуга сінтэзавалі з дапамогай сістэмы Thermoscript RT-PCR (Invitrogen) у адпаведнасці з пратаколам вытворцы з выкарыстаннем праймера Oligo(dT)18. Рэакцыі RT інактываваліся пры 85 ° C на працягу 5 хвілін. Атрыманыя кДНК былі выкарыстаны ў якасці шаблону для двух круглай ПЦР, як апісана вышэй, для ампліфікацыі вастрый FV з суцэльнай крыві. Старанны аналіз гэтай дзейнасці прадстаўлены ў Matsen et al. (неапублікавана). Гэты аналіз вырабіў меркаванае выраўноўванне адмоўнай паслядоўнасці гіпермутацыі, выдаліўшы слупкі, якія падазраюцца ў гіпермутацыі. Гэтыя выраўноўванні былі выкарыстаны для астатняй часткі аналізаў у гэтым даследаванні, каб пазбегнуць сумяшчэння гіпермутацыі і сапраўднага філагенетычнага сігналу. вылічэнне вялікіх дрэў мінімальнай эвалюцыі з профілямі замест матрыцы адлегласці. Mol Biol Evol2009;26:1641–1650. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar], 22Price MN, Dehal PS, Arkin AP.FastTree 2-прыкладна дрэвы максімальнай верагоднасці для вялікіх выраўноўванняў. PLoS ONE2010; 5: e9490. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Гэтае дрэва было візуалізавана з дапамогай Archeopteryx (https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx). З таго ж выраўноўвання, SplitsTree 4.12.823Huson DH, Bryant D. Прымяненне філагенетычных сетак у эвалюцыйных даследаваннях. Mol Biol Evol2006; 23: 254-267. [Crossref], [Web of Science®], [Google Scholar] былі выкарыстаны для стварэння сеткі расколаў. Аналіз штамаўШтамы былі ідэнтыфікаваныя шляхам праходжання адмоўнага выраўноўвання па гіпермутацыі праз ітэрацыйны алгарытм кластарызацыі цэнтралізавання. Было ўстаноўлена, што адно прыкладанне UCLUST v1.124Edgar RC.Search і кластарызацыя на парадкі велічыні хутчэй, чым BLAST. Біяінфарматыка 2010; 26: 2460-2461. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] прывялі да дрэнных вынікаў кластарызацыі з -за прагнасці алгарытму. Быў рэалізаваны ітэрацыйны алгарытм паўторнага перагляду, прапанаваны аўтарам UCLUST па адрасе http://drive5.com/usearch/manual/recenter.html, які добра вырашаў гэтую праблему. Для кожнага раунду кластарызацыі паслядоўнасці кансенсусу з папярэдняга раунда дадаваліся ў верхнюю частку неадпаведнага выраўноўвання ў парадку памеру кластара ад найбольшага да найменшага. Для гэтай ітэрацыі кластэрызацыя праводзілася з дапамогай cluster_smallmem, ствараючы новыя паслядоўнасці і кластары. Гэты працэс паўтарыўся двойчы. Прызначэнні кластара былі дадаткова дапрацаваны сцэнарыем, які знайшоў сапраўдны цэнтроід кожнага кластара, вызначаны паслядоўнасцю з мінімальнай сярэдняй нармалізаванай адлегласцю Хэмінга да кожнай іншай паслядоўнасці ў кластары. Затым сцэнар быў правераны, каб пераканацца, што кожная паслядоўнасць аб'яднана з цэнтраідам, да якога яна была бліжэй за ўсё (зноў жа, як вызначана нармалізаванай адлегласцю Хэмінга), у выпадку неабходнасці перапрызначэння. Гэты ітэрацыйны алгарытм быў ужыты з выкарыстаннем парога 97.77%. Гэты парог, хоць і крыху вышэйшы за той, які выкарыстоўваецца ў нашым спадарожным даследаванні, 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Дынаміка папуляцыі рэзус -макак і звязанага з імі пеністага віруса ў Бангладэш. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] лепш адлюстроўвае некалькі меншую колькасць разнастайнасці паслядоўнасці ў выніку выдалення слупкоў, якія падазраюцца ў гіпермутацыі. Як ужо згадвалася вышэй, вірусныя штамы абазначаюцца з выкарыстаннем малых літар, каб адрозніць іх ад геаграфічных аб'ектаў, дзе былі ўзятыя пробы людзей або макак (напрыклад, Dhamrai - гэта месца даследавання, дзе ў асноўным быў знойдзены асноўны штам dhamrai.) Статыстычныя метады Статыстычны аналіз дэмаграфічных зменных быў выконваецца з выкарыстаннем статыстычнага пакета праграм JMP (SAS Institute, Cary, NC, USA); аналіз табліц непрадбачаных сітуацый быў выкананы з дапамогай функцыі R fisher.test.25 R Core Team. Р: Мова і асяроддзе для статыстычных вылічэнняў. Вена: R Foundation for Statistical Computing, 2012. [Google Scholar]ВЫНІКІ Дэмаграфічныя даныя, уключаючы ўздзеянне NHP. За 5-гадовы перыяд, 2007–2011, біялагічныя ўзоры былі сабраны ў 222 чалавек.

Пакінь паведамленне 

спіс паведамленняў